Las Asociaciones han presentado alegaciones contrarias a este proyecto dentro del periodo de información pública de la Evaluación de Impacto Ambiental, y denuncian que la construcción de este puerto, promovido por la empresa Puerto de Águilas playa, S.A., abriría el camino a la ocupación y destrucción de espacios naturales protegidos en el medio marino, como ya ha ocurrido en tierra con el LIC y ZEPA de la Sierra de La Almenara, precisamente también en Águilas.
Tanto el proyecto de ampliación como el proyecto concedido (840 amarres totales previstos) se localizan dentro del LIC Franja Litoral Sumergida de la Región de Murcia (ES6200029), propuesto por Acuerdo del Consejo de Gobierno de la Comunidad Autónoma de la Región de Murcia de 28 de julio de 2000 (BORM nº 181, de 05 de agosto de 2000), e inmediato al LIC Medio Marino (ES6200048).La superficie total afectada por las obras sería de 9,5 hectáreas, de las que 4,8 serían en tierra y el resto en el medio marino.
El mismo Estudio de Impacto Ambiental (E.I.A.) reconoce que «La calidad e importancia de este lugar, se justifica por la presencia de las mejores representaciones de praderas de Posidonia de la franja costera de la Región de Murcia y de especies que corresponden a taxones de interés representativos de los ecosistemas sumergidos del Mar Mediterráneo».
El Estudio de Impacto Ambiental reconoce igualmente que «La principal afección ambiental que sufre este espacio, se debe a las actividades propias del turismo (deportes náuticos, submarinismo) y a la práctica de la pesca de arrastre».
ANSE y Greenpeace denuncian que el proyecto de puerto deportivo incidirá, precisamente, en aumentar notablemente las afecciones ambientales que sufre el LIC y las praderas de posidonia, sin que las medidas correctoras ni compensatorias propuestas puedan limitar ni recuperar el impacto negativo que se va a producir.
Aunque no se cuantifica adecuadamente en el E.I.A., la construcción y la ampliación del puerto deportivo supondrá la destrucción directa de más 15 hectáreas de pradera de Posidonia, afectando en casi su totalidad al LIC. La ampliación agravará si cabe aún más dicha alteración al asentar directamente los diques del puerto sobre formaciones densas de este hábitat prioritario, y por los cambios en la dinámica litoral que se producirá en sus inmediaciones.
Ambas organizaciones consideran que tanto el proyecto de ampliación como el puerto aprobado incumple el apartado 1, artículo 6, de la Directiva Hábitat: «Los Estados miembros adoptarán las medidas apropiadas para evitar, en las zonas especiales de conservación, el deterioro de los hábitats naturales y de los hábitats de especies que hayan motivado la designación de las zonas, en la medida en que dichas alteraciones puedan tener un efecto apreciable en lo que respecta a los objetivos de la presente directiva».
ANSE y GREENPEACE temen que la Comisión Europea no fue informada por el Gobierno Regional, como obliga la Directiva de Hábitat, de la afección al hábitat de Posidonia oceanica ni al LIC Franja Litoral Sumergida de la Región de Murcia, ni tampoco a las poblaciones del delfín mular ni al LIC Medio Marino que el puerto ya aprobado, pero no construido, podría tener, ni tampoco de la ampliación prevista.
Las organizaciones denuncian la enorme proliferación de puertos deportivos impulsada por el Gobierno Regional y empresarios en el litoral de la Región de Murcia, y muy especialmente en la costa de Águilas, ya que a la construcción del puerto de Casica Verde habría que añadir los dos puertos existentes actualmente, los aprobados en El Hornillo y Calabardina, y la Marina Deportiva proyectada junto a Cabo Cope. Los amarres de embarcaciones pasarían así de las aproximadamente 260 actuales a «MAS DE 2500» en unos pocos años, lo que supondría una presión insoportable tanto para la costa como para los mamíferos marinos.
ANSE y GREENPEACE han pedido una Moratoria a la creación de nuevos Puertos Deportivos en el litoral de la Región de Murcia, hasta tanto no se haya aprobado un Plan de Puertos, que cuente con el consenso de las administraciones con competencia en la materia, especialmente la Dirección General de Costas del Ministerio de Medio Ambiente, y la Consejería de Medio Ambiente de la Comunidad Autónoma de Murcia, y la participación de instituciones como el Instituto Español de Oceanografía, Universidades, Cofradías de Pescadores, asociaciones de defensa de la naturaleza, etc.