Así lo ordenó el Consejo de Estado a partir de la aprobación del Protocolo de Cartagena en el año 2002
En el año 2003, el doctor Hernán Arévalo, con el apoyo del Grupo de Acciones Públicas dela Universidad el Rosario y algunas organizaciones como el Grupo Semillas y la fundación Derechos de Colombia, iniciaron una acción popular que tuvo por objeto cuestionar desde una visión de derechos colectivos, la omisión de sus funciones en que incurrió el Ministerio de Ambiente, al no exigir a la empresa Monsanto Inc. licencia ambiental para la liberación semicomercial del algodón transgénico Bt en Colombia.
Los principales argumentos de la demanda estaban basados en la exigencia de cumplimiento de las obligaciones por parte del Ministerio de Ambiente y la aplicación del Principio de Precaución, que establece que «la falta de certeza científica no deberá utilizarse como razón para postergar la adopción de medidas eficaces» (Ley 99 de 1993. Decisión 391 del Acuerdo de Cartagena, artículo 13). En la demanda se solicitó expresamente la suspensión de la autorización otorgada por el ICA para la introducción de semillas de algodón Bt para la siembra, en la región del caribe húmedo. En su lugar se solicita que la empresa Monsanto inicie el trámite de licencia ambiental ante el Ministerio de Ambiente.
El 17 de octubre de 2003, el Tribunal Administrativo de Cundinamarca, falló en primera instancia dicha acción popular. En sentencia, cuya magistrada ponente fue la Doctora Beatriz Martínez, se ordenó 1). Proteger los derechos colectivos al medio ambiente sano, a la salud pública, la libertad de consumo, a la participación de la comunidad en las decisiones que las afecten o que podrían afectarla y a la moralidad administrativa. 2). Suspender los efectos jurídicos de la resolución 1035 del 10 de mayo de 2002 expedida por el ICA. 3). Ordenar al Ministerio de Ambiente exigir a Monsanto el trámite de licencia ambiental previa importación del algodón Bt para ensayos semicomerciales en el Caribe Húmedo. 4). Enviar copia del expediente a la procuraduría general de la nación para los fines disciplinarios referidos a posibles vulneraciones de la moralidad administrativa en el trámite para la aprobación de la siembra del algodón Bt en Colombia. Ante dicha decisión, los demandados interpusieron recurso de apelación el cual fue resuelto por el Consejo de Estado el 4 de febrero de 2005 con ponencia de la doctora Olga Inés Navarrete Barrero.
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